薬学部の前身である官立熊本薬学専門学校の薬草園として1927(昭和2)年に開設。保有する植物数は1500種あまりで、日本薬局方に収載されている生薬の基原植物も多く保有している。また、旧細川藩の薬園であった蕃慈園に由来するモクゲンジ、テンダイウヤク、サンシュユ、サンザシ、ニンジンボクが現存している。
※定期的に薬草パーク観察会等のイベントを開催