黒髪北地区

• 01 五高記念館 重要文化財 （旧第五高等中学校 本館）
• 02 化学実験場 重要文化財 （旧第五高等中学校 化学実験場）
• 03 表門 (赤門) 重要文化財 （旧第五高等中学校 表門）
• 04 永青文庫研究センター
• 05 文学部附属漱石・八雲教育研究センター
• 06 文学部附属国際マンガ学教育研究センター
• 07 夏目漱石先生の碑・銅像・句碑
• 08 ラフカディオ・ハーン（小泉八雲）先生の碑・レリーフ
• 09 嘉納治五郎先生の碑
• 10 附属図書館

黒髪南地区

• 11 工学部研究資料館 重要文化財 （旧熊本高等工業学校 機械実験工場）
• 12 本部 登録有形文化財 （旧熊本高等工業学校本館）
• 13 埋蔵文化財調査センター
• 14 文書館
• 15 くまもと水循環・減災研究教育センター[CWMD]

本荘地区

• 16 山崎記念館 登録有形文化財 （旧熊本医科大学図書館）
• 17 肥後医育ミュージアム

大江地区

• 18 熊薬ミュージアム
• 19 薬用植物園
• 20 薬草ミュージアム